A raíz del comentario de Vicente, me dí cuenta que si usábamos Firefox sobre Windows las ventanas y popups de TinyMCE eran muy estrechas y no permitían ver con claridad los enlaces que se introducen.
El módulo TinyMCE para Drupal 5 está pensado para trabajar con la versión 2.1 de TinyMCE que la verdad comparado con el nuevo TinyMCE 3 deja bastante que desear.
Una de las cosas que más me han gustado es que podemos forzar la salida XHTML 1.0 (sí, hasta ahora he revisado el html de todos mis posts y los comentarios introducidos), así que mataba dos pájaros de un tiro.
Así que navegando encontré este parche para incorporar TinyMCE 3 en Drupal 5, aunque debo decir que no van a aparecer las ventanas correctamente dimensionadas si que es posible cambiarles el tamaño de manera normal para que se ajuste a nuestras necesidades.
Bien, tenemos ahora salida XHTML y podemos cambiar el tamaño, pero aparece la ventana con las dimensiones correctas? La respuesta es no.
De todos modos, podemos aplicar algunos cambios al css para conseguir nuestro objetivo, aunque de momento yo todavía no lo he probado.
De todas formas hay todavía bastantes fallos, uno de ellos es que ahora la caja de edición no se dimensiona a la par con el tamaño del textarea.
Parece que se ha abandonado la idea y están tomando más fuerza otros editores para Drupal 5. También debemos tener en cuenta que Drupal 6 esta en la calle y tiene un soporte para TinyMCE 3, así que si tenéis la posibilidad de actualizar (disponibilidad de versiones 6.x de todos vuestros módulos), creo que es la mejor manera de proceder.